长期以来，南通大学坚持深化内部治理结构改革，积极探索构建现代大学制度有效途径，不断提升办学品格和人才培养质量。
该校健全完善二级管理体制和目标管理责任制。学校健全完善校院二级管理体制，合理界定学校与学院的管理权限与职责，调整确立学校与学院之间的责权利关系，进一步强化二级学院的教育教学中心地位，以深化校院两级教学管理和学生管理为引导，不断推进管理重心和办学职能下移，激发二级学院办学活力。进一步推进目标管理责任制，严格界定责任主体，明确学校的支持政策，形成科学合理的责权利机制。注重过程管理和结果考评，建立目标责任与资源配置相挂钩的机制，建立学校宏观决策、部门协调配合、学院实体运行的管理模式。
探索建立以学术权力和学生主体权利为核心的内部权力运行机制。学校建立以学术委员会为核心的校、院两级学术组织，对学术组织的组成、权限和运行规则作出明确规定，确保了学术权力与行政权力相对独立、协调配合，实现了学术决策回归学术本位。以学生主体权利为核心完善学生代表大会制度，确保学生参与教学安排、培养方案、教学管理、宿舍管理等学校事务的权利实现，促进学生个性化发展、全面发展、长远发展。组织“春天里的对话——学代会代表与校长面对面”活动，通过面对面座谈、微博、QQ等新媒体在线交流，听取学生对学校工作的意见和建议。
学校坚持和完善党委领导下的校长负责制，完善党委全委会、党委常委会、党政联席会、校长办公会、书记办公会议事规则和程序，进一步明确权利边界，规范决策行为，提高决策水平，建立健全决策、指挥、执行与监督相对分离、有机结合的运行机制。建立党务校务公开制度、“三重一大”决策制度、民主管理及民主监督制度，完善教职工代表大会制度，发挥工会组织的民主决策、民主管理和民主监督职能，保障广大师生员工对学校事务的知情权、参与权和监督权，推进学校决策和学校管理的民主化进程。
